Początkowo propozycję zagrania Neo otrzymał Will Smith. Ofertę jednak odrzucił i wybrał udział w filmie "Bardzo Dziki Zachód". W jednym z wywiadów powiedział, że Wachowscy pokazali mu jedynie fragment z kopnięciem w powietrzu z zatrzymaniem czasu i aktor był sceptycznie nastawiony do pomysłu nakręcenia produkcji opartej na tego typu efektach specjalnych. Kolejnymi kandydatami byli Leonardo DiCaprio (odrzucił propozycję), Ewan McGregor (wybrał rolę w filmie "Gwiezdne wojny: Część I - Mroczne Widmo") i David Duchovny (zdecydował się na udział w "Z archiwum X: Pokonać przyszłość"). Wachowscy chcieli też Johnny'ego Deppa, a studio Warner Bros Brada Pitta i Vala Kilmera.
Przed rozpoczęciem zdjęć do filmu Keanu Reeves trenował kung-fu po 7 godzin dziennie.
Aktorzy przygotowywali się do filmu przez cztery miesiące. Carrie-Anne Moss, w obawie, że straci swoją rolę, nie przyznała się do poważnej kontuzji.
Jean Reno otrzymał propozycję zagrania agenta Smitha, lecz ją odrzucił. Przesłuchiwany był także Christopher Meloni. Wachowscy zdecydowali się ostatecznie na Hugo Weavinga po tym, jak zobaczyli go w filmie "Dowód".
Sir Sean Connery miał początkowo zagrać Morfeusza, ale ostatecznie odrzucił rolę, by zagrać Allana Quatermaina w "Lidze niezwykłych dżentelmenów". Aktor później żałował, że nie przyjął propozycji braci Wachowskich, a tym samym uczestniczenia przy tworzeniu filmu "Matrix". Innym kandydatem był Russell Crowe, ale propozycję odrzucił, gdyż na etapie czytania scenariusza nie zainteresowało go uniwersum filmowe. W różnych fazach produkcji pod uwagę brani byli też Val Kilmer (kandydował także do roli Neo), Gary Oldman, Samuel L. Jackson, Yun-Fat Chow, Morgan Freeman, Denzel Washington, Anthony Hopkins, Malcolm McDowell oraz Robert De Niro.
Angelina Jolie i Gillian Anderson kandydowały do roli Trinity.
Wo Ping, osoba odpowiedzialna za treningi aktorów, dzięki którym mogliśmy oglądać akrobatyczne wyczyny w filmie, z początku odrzucił propozycję współpracy z mało wtedy znanymi twórcami (braćmi Wachowskimi), tłumacząc się im, że nie ma wolnego czasu. Dopiero po przeczytaniu gotowej wersji scenariusza zmienił zdanie i zaangażował się w projekt.
Zespół odpowiedzialny za efekty specjalne, był nadzorowany przez Johna Gaetę, pomysłodawcę efektu "Flow-Mo" (pokazujący aktorów zatrzymanych i jednocześnie unoszących się w powietrzu). Efekt ten można zauważyć już w pierwszej scenie z udziałem Trinity.
Na wieżowcu, gdy Trinity wyciąga pistolet do agenta i mówi "Dodge this" ("Omiń to"), pistolet zamienia się na inny model.
W spektakularnej scenie kraksy helikoptera do ostatniej chwili w szybach budynku nie widać jego odbicia.
Kiedy Morfeusz stara się udusić Agenta Smitha (w łazience zaraz przed porwaniem Morfeusza), Smith wykręca mu ręce. Morfeusz uderza go głową w twarz, a okulary Agenta spadają na podłogę. W kolejnych ujęciach na ziemi nie ma jednak już okularów.
Kiedy Neo biegnie do pokoju 303, wyrywa komuś z ręki telefon. Przez moment nie widać jednak telefonu w dłoni, natomiast w następnym ujęciu telefon powraca.
Podczas całego filmu w okularach noszonych przez Neo, Trinity i wielu innych bohaterów bardzo często widać odbicie kamery.
Kiedy Trinity mówi do Neo (kiedy jest on "martwy") jej włosy wysuwają się jej zza ucha, po czym wracają na miejsce, jeszcze raz zsuwają się w następnym ujęciu i ponownie powracają za ucho.
W scenie z łyżką użyto dwóch łyżek: normalnej i komputerowej (ta druga się wygina). W łyżce normalnej widać odbicie ekipy filmującej scenę.
W scenie, w której Neo unika pocisków na dachu wieżowca, przed samym zwolnieniem tempa rzuca na ziemie Beretty. Gdy jednak zaczyna się spowolnione ujęcie, pistolety znikają, by pojawić się dwa ujęcia dalej, gdy Neo leży na ziemi z bólem kręgosłupa.
Gdy Neo budzi się w kokonie i ciecz z kokonu zaczyna spływać, on spływa razem z nią głową do przodu, ale już w następnej scenie, Neo płynie nogami do przodu.
Gdy Morfeusz idzie z Neo do wyroczni, w klamce od drzwi wejściowych, na którą jest zbliżenie, widać okrągły obiektyw kamery.
Gdy Neo znajduje się w pokoju przesłuchań (miejsce z pluskwą), to w momencie, gdy sklejają mu się usta i zaczyna się rzucać, w odbiciu okularów Smitha widać, że Neo nadal siedzi.
W scenie strzelaniny w budynku wojskowym widać, że Neo wyciąga półautomatyczny karabinek 9mm. W następnej scenie widać, że z tej broni powoli wypadają na podłogę łuski z napisem .223.
W pokoju przesłuchań agent Smith zdejmuje swoje okulary. W następnej scenie widać je położone na stole. Później zmieniają one swoją pozycję i znikają kilka razy.
Każdy wie, że aby dostać się do Matrixa trzeba zostać podłączonym - "igłą" w głowę, ale nie można tego zrobić samemu, więc w jaki sposób w połowie filmu do Matrixa dostaje się Cypher na spotkanie z agentem Smithem?
Kiedy Neo znajduje się w biurze i dostaje telefon komórkowy od Morfeusza, widzimy, że jest sam w pomieszczeniu. Jednak gdy odbiera telefon, bardzo wyraźnie widać rękę kogoś z ekipy filmowej.
Podczas sceny ucieczki Neo przed nadjeżdżającym metrem przez ułamek sekundy widać linkę, na której Neo jest "wyciągany".
Podczas ucieczki przed agentami Neo wchodzi na gzyms wieżowca. Kiedy patrzy na dół dostrzega kilkudziesięciu gapiów, a 2 sekundy później gapiów już nie ma.
Gdy na dachu wieżowca Neo i Trinity zabijają policjantów, ich ciała znikają w chwili, kiedy Neo unika strzałów.
Podczas sceny unikania przez Neo kul na dachu wieżowca, tuż przed postrzeleniem, przy zbliżeniu nogi widać zaznaczoną linię na fragmencie materiału. Po chwili Neo zostaje "postrzelony" dokładnie wzdłuż tej linii.
Kiedy Neo przyjeżdża do pracy, na budynku, w którym pracuje, widnieje nazwa firmy "Metacortex". Jednak podczas ucieczki Neo przed agentami, możemy zauważyć, że nazwę zmieniono na "Meta Cortechs".
Podczas walki z Agentem na stacji metra Neo otrzymuje cios, po którym pluje krwią, a następnie wyciera ją z ust. Gdy wstaje, na twarzy i ręce nie ma już jednak krwi.
W scenie, gdzie Neo podaje rękę Morfeuszowi, lewa ręka Morfeusza znajduje się za jego plecami, następnie jest opuszczona, w kolejnym ujęciu zza pleców Morfeusza, jego ręka ponownie znajduje się za plecami.
Podczas sceny, w której Neo zwisa z helikoptera i utrzymuje na jednej ręce Morfeusza, widoczne są liny zabezpieczające.
Podczas sceny walki na dachu można dostrzec, że cienie obiektów na nim znajdujących się i postaci zmieniają swoje kierunki padania.
Kiedy Neo wychodzi z ciastkiem po rozmowie z Wyrocznią widać, że ciastko jest nadgryzione, ale już w następnym ujęciu ciastko jest nienaruszone.
Podczas sceny w kuchni, Wyrocznia niesie talerz z czterema ciastkami, ale chwilę później, gdy Wyrocznia kładzie ciastka na stole jest ich już sześć.
W scenie aresztowania Trinity słychać odbezpieczane przez policjantów pistolety marki Glock. Jednak zamiast suwaków przesuwanych do tyłu słyszymy zaciągane kurki.
Kiedy za pierwszym razem Morfeusz zabiera Neo do programu konstrukcyjnego, to można zauważyć niezgodność w ujęciach kamery a widokiem z odbicia w szkłach okularów Morfeusza. Neo jest w tych ujęciach ubrany odmiennie oraz stoi i porusza się zupełnie inaczej.
W scenie walki między Neo a agentem Smithem na stacji metra widać, że agent ma krawat przypięty do koszuli klipsem. Jednak w ujęciu z nadjeżdżającym pociągiem, gdy Neo skacze ze Smithem pod sufit, krawat nie jest przypięty, ale za chwilę klips pojawia się znowu na krawacie.
Wieżowiec, na którym rozbił się śmigłowiec, jest tak naprawdę budynkiem Columbia Pictures, a na piętrze, w którym eksplodował, znajdują się sale projekcyjne.
Zdjęcia do filmu kręcono w Sydney i nad zatoką Broken Bay (Australia), Nashville (Tennessee, USA) oraz w San Francisco (Kalifornia, USA).
Obsada spędziła ponad trzy miesiące w Los Angeles trenując pod czujnym okiem Wo Pinga, po czym zmieniła miejsce lokacji na Sydney w Australii, gdzie jeszcze na miesiąc przed rozpoczęciem pierwszych zdjęć dopracowywano choreografię walk.
Wykorzystanie techniki zwolnionego filmowania było niezbędne dla stylistyki scen akcji w The Matrix. Niektóre elementy scenariusza również wymagały specjalnego potraktowania. Te sceny właśnie wymagały dynamicznego ruchu kamery przy jednoczesnym kolistym filmowaniu w zwolnionym tempie, co zbliżało się do 12 tysięcy klatek na sekundę. Wachowscy nazwali tę metodę 'Fotografią - Strzału'.
Znaki pojawiające się na ekranach obrazujących Matrix składają się z odwróconych liter, numerów i japońskich znaków katakana.
Keanu Reeves sprezentował każdemu z 12 kaskaderów występujących w filmie po motorze marki Harley-Davidson.
Podczas przesłuchania Neo przez agentów, pokazany efekt zasklepienia się ust Neo, był dziełem animacji komputerowej. Jednak później Keanu Reeves miał naprawdę zasklepione usta przez 5 godzin, gdy chciał coś powiedzieć musiał to napisać.
Keanu Reeves podczas kręcenia filmu leczył uraz szyjny.
Carrie-Anne Moss w jednej ze scen skręciła sobie kostkę.
Przed nakręceniem pełnometrażowego filmu, powstał 600-stronicowy komiks, który pokrótce traktował o tym, czym jest "Matrix".
Nakręcenie potrójnego, powietrznego kopnięcia Neo zajęło ekipie zdjęciowej dwa dni zdjęciowe i 24 duble.
Podczas przygotowań do nakręcenia walk, Andy Wachowski oberwał od jednego z kaskaderów, który uderzył przypadkowo w obiektyw kamery trzymanej przez reżysera.
Kiedy Mouse (Matt Doran) przyjmuje nieproszonych agentów, strzela do nich z dwóch specjalnie skonstruowanych strzelb Automatic 12-Gauge, do których zamocowane są elektryczne magazynki z cylindrami obracającymi się 900 razy na minutę.
Podczas próby uratowania Morfeusza, na holu biurowca dochodzi do wymiany ognia. W tej scenie Neo (Keanu Reeves) używa takiej broni palnej jak: para pistoletów Beretta M92FS, dwóch karabinów Micro Uzi, pary Skorpionów SA Vz 61s oraz dwóch karabinów H&K MP5K. Natomiast Trinity (Carrie-Anne Moss) strzelała ze strzelby SPAS 12, i z Micro Uzi, a ochrona budynku odpowiadała ogniem z M16, jak także ze strzelb SPAS 12.
W biurze Meta Cortechs, podczas rozmowy telefonicznej między Neo a Morfeuszem, widzimy jak Neo (Keanu Reeves) wspina się na okno. Ta scena była kręcona bez kaskadera, na 34 piętrze budynku.
Nad drzwiami kuchni, w apartamencie Wyroczni widnieje napis "Temet nosce", oznacza on "poznaj siebie”. Autorem tych słów jest Plutarch, pisarz starożytnej Grecji.
Gdy Neo zostaje zabity, jest martwy przez 72 sekundy. Czas ten jest kolejnym odwołaniem do Biblii, kiedy Jezus Chrystus leżał w grobie przez 3 dni, czyli 72 godziny.
Zdjęcia do filmu kręcono od 14 marca do 1 września 1998 roku.